در سال ۱۳۶۳ گروهی از خیرین و نیکوکارانمهاجر مقیم مشهد مقدس با هدف حمایت از خانواده‌های شهدا و نیازمندان، اقدام به تأسیس مؤسسه خیریه سیدالشهدا (علیه‌السلام) کردند. مؤسسان این نهاد مردمی با برگزاری جلسات قرآنی و دعا، مردم را به یاری محرومان دعوت می‌کردند و نخستین صندوق‌های جمع‌آوری کمک‌های مردمی را در اختیار خانواده‌ها قرار دادند.با گذشت زمان و شناسایی نیازهای متنوع جامعه افغانستان، دامنه فعالیت مؤسسه به شکل چشمگیری گسترش یافت. این نهاد که در آغاز بر خانواده‌های معظم شهدا متمرکز بود، امروز بدون هیچ‌گونه تبعیض به تمامی اقشار نیازمند و خانواده‌های آسیب‌پذیر در افغانستان و مهاجرین در ایران خدمات‌رسانی می‌کندسرآغاز فعالیت مؤسسه در مشهد و سپس هرات بود، اما امروز این نهاد در شهرهای دیگری نیز نمایندگی دارد و به‌طور گسترده در مسیر محرومیت‌زدایی تلاش می‌کند. در سال‌های نخست، خدمات مؤسسه بیشتر شامل توزیع کمک‌های معیشتی، تأمین هزینه‌های زندگی و ارائه خدمات درمانی بود. اما امروزه فعالیت‌ها بسیار گسترده‌تر شده و حوزه‌هایی چون:
ساخت مدارس و مراکز آموزشی، احداث سرپناه برای محرومان، ساخت مساجد و دارالقرآن، راه‌اندازی درمانگاه و خدمات بهداشتی، تأمین جهیزیه و وام قرض‌الحسنه، ایجاد اشتغال و کارگاه‌های تولیدی (مانند کارگاه خیاطی)، امدادرسانی در حوادث طبیعی، کمک به آزادسازی زندانیان جرائم غیرعمد، ارائه خدمات فرهنگی و آموزشی.