از مهمترین نیازمندی های مددجویان و مشکلات اساسی آنها تامین هزینه های درمان می باشد بدین منظور موسسه فعالیت این بخش را که همانا رسیدگی به وضعیت صحی و درمانی خانواده های تحت پوشش و افراد بی بضاعت ومستمند جامعه می باشد از سال۱۳۷۷ بطور قابل ذکری به مورد توجه قرار داده که فعالیت های آن گستردگی زیادی را نیز شامل می شود.
از جمله معرفی تمامی بیماران به مراکز درمانی و تقبل کمک هزینه های ایشان چه بیماران صعب العلاج جهت شیمی درمانی و پرتودرمانی و چه سایر بیماری ها. همچنین نامه نگاری و ارتباطات با مراکز درمانی بیمارستانهای طرف قرارداد و پرداخت کمک هزینه درمان بیماران بستری در بیمارستان و نیز ارجاع نسخه جات به داروخانه های طرف قرارداد، و سایر انواع خدمات که بخشی دیگر از آن در طرح دیالیز و سلامت نیز ذکر خواهد شد. در حال حاضر به تعداد ۶۲ نفر تحت پوشش بخش درمان موسسه می باشند که تمامی تلاش و هدف موسسه ایجاد تسهیلات در روند تندرستی و درمان این عزیزان می باشد.