ساختار تشکیلاتی مؤسسه به‌عنوان یک سازمان غیردولتی و غیرانتفاعی، بر پایه نظم و انسجام طراحی شده است. بالاترین مرجع تصمیم‌گیری در این مجموعه، هیئت‌امنا و موسسان هستند که سیاست‌ها و راهبردهای کلان را تدوین و اجرا می‌کنند. اعضای هیئت‌امنا متشکل از ۲۵ فرد متدیّن و خیر جامعه‌اند که به‌صورت منظم، هر دو هفته یک‌بار در دفتر مرکزی مؤسسه گردهم می‌آیند تا مسائل جاری و آینده‌نگر مؤسسه را مطابق اساسنامه بررسی و تصویب نمایند. علاوه بر آن، کلیه نمایندگی‌ها در شهرهای مختلف زیر نظر هیئت‌مدیره و با مدیریت مسئولان منتخب اداره می‌شوند. در پایان هر ماه نیز جلسات کارمندی برگزار شده و گزارش‌های عملکردی توسط مسئولان واحدها جمع‌آوری و جهت بررسی نهایی به مدیریت مؤسسه و معاونت‌ها ارائه می‌گردد. این روند شفاف و سازمان‌یافته، موجب هماهنگی میان بخش‌های مختلف و ارتقای بهره‌وری فعالیت‌های مؤسسه می‌شود.

پس از جمع‌بندی گزارش‌ها، تصمیمات هیئت‌امنا به‌عنوان برنامه‌های اجرایی به کارکنان ابلاغ می‌شود. در کنار آن، جلسات فصلی شورای پشتیبانی با حضور اعضا برگزار شده و گزارش‌های شفاهی، تصویری و مستند فعالیت‌ها ارائه می‌گردد. انتخاب مسئولان حوزه‌های خدمات‌رسانی در شهرها نیز از میان داوطلبان این شورا و به‌صورت افتخاری صورت می‌پذیرد. همچنین، مؤسسه هر سال در سوم شعبان، هم‌زمان با میلاد حضرت اباعبداللّه‌الحسین (علیه‌السلام)، گزارش جامع عملکرد یک‌ساله خود را در مجمع عمومی با حضور خیرین، حامیان و مسئولان نمایندگی‌ها منتشر می‌کند. برای تحقق اهداف، مؤسسه علاوه بر بهره‌گیری از نیروهای داوطلب، افراد متخصص و توانمند را نیز به‌صورت تمام‌وقت در واحدهای مختلف به‌کار گرفته است تا فعالیت‌ها با کیفیت و اثربخشی بیشتر پیش رود. این ساختار نظام‌مند، ضمن حفظ شفافیت، بستری مطمئن برای رشد، خدمت‌رسانی و جلب اعتماد عمومی فراهم می‌آورد.